Browsing by Author "Faugeron, Sylvain Wielfrid"

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    Absence of kin structure in a population of the group-living rodent Octodon degus
    (2011) Quirici Valadán, Rosina Verónica.; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Ebensperger Pesce, Luis Alberto
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    Assessment of genetic and phenotypic diversity of the giant kelp, Macrocystis pyrifera, to support breeding programs
    (2018) Camus, Carolina; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Buschmann, Alejandro H.
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    Descifrando la historia evolutiva de Gracilaria Chilensis a través del Océano Pacífico Sur
    (2022) Huanel Oyarzún, Oscar Roberto; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    Gracilaria chilensis es la principal alga cultivada en Chile, distribuyéndose desde Caldera (27°S) hasta Raúl Marín Balmaceda (43°S). Estudios de genética poblacional y filogeografía previos indican que las poblaciones chilenas de G. chilensis son caracterizadas por una reducida diversidad genética asociada a la sobreexplotación de las praderas naturales ocurrida hace unos 50 años y/o el efecto fundador durante la colonización de Chile a fines del Último Máximo Glacial. Gracilaria chilensis es originaria de Nueva Zelanda, donde coexiste con G. transtasmanica para la cual se ha propuesto una reciente introducción debido que es hallada principalmente cerca de puertos en la Isla Norte, sin embargo, la distribución de ambas especies a lo largo del archipiélago aún no está clara. Para entender mejor el estado actual del recurso genético de G. chilensis en Chile es necesario entender como estos dos procesos han determinado la historia evolutiva de este importante recurso algal. En la presente tesis, se evaluó la distribución e historia evolutiva de Gracilaria en Nueva Zelanda utilizando el marcador nuclear Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) (Capítulo 1), y cómo los procesos antes mencionados han influenciado la arquitectura genética de G. chilensis en Chile utilizando 2.232 SNP (Capítulo 2). Nuestros resultados confirman que G. chilensis tiene una amplia distribución a través de archipiélago de Nueva Zelanda, con una fuerte estructuración geográfica concordante con el efecto de los ciclos glaciales-interglaciares, y los principales limites biogeográficos descritos para esta región. Por otro lado, G. transtasmanica presentó una distribución parchosa, sin un patrón de estructuración de su diversidad genética, pero con señales de un crecimiento poblacional post glacial soportando una antigua presencia en Nueva Zelanda. Los análisis de ABC mostraron que la actual distribución de G. chilensis a través del océano Pacífico Sur resultó de dos eventos de colonización independientes hace unos 20,000 años atrás. Para Chile, los análisis de ABC además infirieron un cuello botella mucho más reciente asociado a la sobreexplotación de las praderas naturales G. chilensis en la década de los 70s, seguido por un rápido crecimiento poblacional posiblemente asociada a la expansión de los cultivos propagados clonalmente post sobreexplotación. Nuestro estudio reveló que la historia evolutiva de G. chilensis, ha sido marcada por recurrentes cuellos de botellas demográficos asociados a los ciclos Glaciales-Interglaciares del Pleistoceno, colonizaciones a largas distancias y perturbaciones antrópica (i.e., sobrecosecha), planteando importantes desafíos en el manejo del recurso genético erosionado de un alga intensivamente cultivada, y que se encuentra en etapas tempranas de domesticación.
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    Development of PCR-Based Markers to Determine the Sex of Kelps
    (2015) Lipinska, Agnieszka P.; Ahmed, Sophia; Peters, Akira F.; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Cock, J. Mark; Coelho, Susana M.
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    Factores que favorecen y/o restringen la adaptación local en el huiro gigante Macrocystis Pyrifera
    (2023) Solas, Maribel; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    Comprender el alcance de la adaptación local en macroalgas es esencial para estrategias de restauración y cultivo de especies, porque afecta a individuos utilizados como reproductores o trasplantes. Investigamos las consecuencias de la adaptación local en una especie de kelp, comparando combinaciones locales y no locales de poblaciones, siguiendo un criterio de metapoblación, para evaluar además la importancia relativa de otros procesos evolutivos distintos a la adaptación local. Detectamos un patrón significativo de adaptación local en la fase esporofítica. Detectamos que los límites de tolerancia ecológica pueden afectar negativamente el desempeño de los individuos en ciertas regiones extremas, ya que además pueden sufrir más los efectos de endogamia, lo que afecta el desempeño de los individuos incluso en condiciones óptimas. Esperábamos restricciones entre individuos muy relacionados genéticamente para evitar depresión por endogamia y restricciones entre individuos de poblaciones más distantes para evitar depresión por exogamia. No obstante, los resultados muestran un efecto significativo en la reproducción de los gametofitos femeninos en presencia de machos emparentados. Así como un éxito reproductivo reducido en poblaciones de latitudes altas. En contraste, las poblaciones de bajas latitudes favorecieron cruces híbridos. Esto sugiere un cambio entre depresión por exogamia y vigor híbrido en diferentes hábitats. La ola de calor afectó a los esporofitos en todas las regiones, exceptuando los cruzamientos peruanos. Esto indica que estas poblaciones contienen recursos genéticos esenciales para acciones futuras frente al cambio climático.
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    Group living in the kelp Lessonia spicata
    (2015) Araujo Casares, Fernanda; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    La vida en grupo (sociabilidad) tiene consecuencias ecológicas que afectan las probabilidades de supervivencia y reproducción de los individuos. Ella crea oportunidad tanto para la cooperación cuanto para el conflicto. En última instancia, el balance entre los beneficios y costos en adecuación biológica determina el valor adaptativo de la vida en grupo en un dado ambiente. Cuando los individuos se agrupan con parientes cercanos, ellos pueden obtener beneficios indirectos a pesar de sufrir potenciales costos directos. Así, para la comprensión del valor adaptativo de la vida en grupo se requiere que se respondan cuestiones como: ¿Cuáles son los costos y beneficios relacionados a la sociabilidad? ¿Cuán frecuentemente parientes cercanos interactúan en poblaciones naturales? ¿Cuál es el grado de parentesco dentro de los grupos? En esta tesis, enfrenté el desafío de contestar estas preguntas utilizando el kelp Lessonia spicata, cuyos individuos (genotipos) se pueden fusionar originando plantas quiméricas, compuestas por dos o más líneas celulares provenientes de diferentes cigotos, como modelo de estudio para investigar las ventajas selectivas del quimerismo, un tipo peculiar pero común, de vida en grupo.En el primer capítulo de esta tesis, evalué los efectos del quimerismo sobre la reproducción (un componente de adecuación biológica normalmente no evaluado en los estudios con quimeras) en los niveles del genotipo y de la planta. Cuantifiqué la frecuencia de quimerismo en poblaciones naturales de L. spicata, comparé la inversión reproductiva genotípica promedio entre plantas quiméricas y no quiméricas y estimé el éxito reproductivo genotípico y de la planta, en plantas quiméricas y no quiméricas. En el segundo capítulo, analicé la relación entre dispersión, estructuración genética a muy pequeña escala y formación de grupos compuestos por parientes cercanos. Utilizando analices de asignación parental y de autocorrelación espacial, evalué la forma del kernel de dispersión y la presencia de estructuración genética a muy pequeña escala (40-100m) en poblaciones de L. spicata. Posteriormente, investigué la influencia de la estructuración genética en la agrupación de parientes.La frecuencia de plantas quiméricas fue alta (60-90%) en poblaciones naturales del kelp L. spicata. En general, no fueron encontrados beneficios o costos en éxito reproductivo genotípico relacionados a la vida en grupo. Sin embargo, en el nivel de la planta, el quimerismo aumentó tanto el éxito reproductivo, cuanto la probabilidad de reproducirse, principalmente debido al aumento del número de genotipos que se reproducen en plantas quiméricas. Este estudio sugiere que la vida en grupo resulta en beneficios en reproducción para L. spicata. Los kernels de dispersión mostraron que la mayoría de los eventos de reclutamiento ocurrió a cortas distancias de la fuente parental (14-40m), a pesar de la heterogeneidad observada entre los sitios de estudio. De la misma manera, uno de los sitios presentó estructuración genética significativa en la coorte de reclutas. Además, encontré concordancia entre la presencia de estructuración genética en reclutas y parentesco significativo dentro de grupos en plantas adultas, lo que sugiere que la estructuración genética a pequeña escala puede llevar a la agrupación de parientes cercanos en poblaciones de L. spicata. De esta forma, este estudio ha demostrado que la dispersión limitada puede causar estructuración genética a pequeña escala en L. spicata.Entonces, la alta ocurrencia de quimeras en poblaciones naturales parece resultar de la fusión de genotipos altamente endogámicos, potencialmente involucrando también beneficios en adecuación biológica inclusiva. Esta tesis ha generado conocimiento importante sobre la vida en grupo en L. spicata que complementa estudios previos sobre quimerismo en algas marinas. Diversas evidencias parecen indicar que el quimerismo es una estrategia adaptativa en algas marinas: i) este es común en varias especies de algas verdes, rojas y cafés; ii) confiere ventajas selectivas en estadios tempranos del ciclo de vida; iii) su frecuencia parece estar relacionada a condiciones ambientales estresantes; iv) aumenta la densidad the reproductores; v) probablemente ocurre mayormente entre parientes cercanos, sugiriendo la posibilidad de beneficios indirectos dentro de grupos. Estudios futuros que investiguen los efectos del parentesco sobre diferentes componentes de adecuación biológica son necesarios para un completo entendimiento de los mecanismos responsables por la evolución y la mantención del quimerismo en L. spicata y en otras algas marinas.
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    High-density genetic map and identification of QTLs for responses to temperature and salinity stresses in the model brown alga Ectocarpus
    (2017) Avia, K.; Coelho, S.; Montecinos Arismendi, Gabriel José; Cormier, A.; Lerck, F.; Mauger, S.; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Valero, Myriam; Cock, J.; Boudry, P.
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    El lobo marino común, Otaria flavescens, en Chile: distribución espacial, historia demográfica y estructuración genética.
    (2013) Weinberger Illanes, Constanza Susana; Marquet, P. A. (Pablo A.); Faugeron, Sylvain Wielfrid; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    Otaria flavescens se encuentra ampliamente distribuida en America del Sur, donde ha sido objeto de explotación indiscriminada, llevando a la especie a drásticas fluctuaciones poblacionales durante el siglo pasado. Actualmente, la especie se encuentra protegida por ley. Sin embargo, debido a sus hábitos alimenticios, la especie interfiere con las actividades de pesca extractiva, existiendo una presión constante por parte de los pescadores por la apertura de la veda. A esta presión antropogénica se suma los efectos de fluctuaciones ambientales decadales, principalmente del ENSO. Debido a esto, se requiere establecer estrategias de manejo de largo plazo para la especie. El comportamiento reproductivo de O. flavescens, al igual que en otros otáridos, se encuentra determinado por la existencia de reproducción anual con agregación reproductiva, y un posible trade-off entre los costos y beneficios de la filopatría y la dispersión. Este patrón determina la estructuración espacial de la especie, dominada por el comportamiento metapoblacional. Así, para el manejo de O. flavescens, se debe considerar su estructura espacial así como su dinámica metapoblacional. Adicionalmente, el entendimiento de los efectos antropogénicos y ambientales en el pasado, permite predecir cambios demográficos futuros. En esta tesis se pretendió responder a diversas preguntas sobre la estructura y dinámica metapoblacional de O. flavescenes, así como sobre su demografía histórica. Se evaluó la filogeografía de O. flavescens, así como la demografía histórica en Chile, mediante el análisis de secuencias de la región control del ADN mitocondrial. Igualmente, se determinaron patrones comunes de demografía histórica en otáridos. El segundo capítulo abarcó la estructuración genética de la especie en Chile, así como los efectos demográficos de la caza y de los eventos ENSO, mediante el uso de marcadores microsatellitales y de frecuencias alélicas de la región control de mtDNA. El tercer capítulo se basó en el análisis de la distribución espacial de la especie en Chile, con un enfoque en conservación y manejo. Para esto se evaluaron los resultados de los dos censos completos de la especie, analizando la distribución espacial de abundancias mediante el uso de teoría de grafos y tomando en cuenta las estimaciones de distancias de dispersión de la especie, determinadas mediante análisis de autocorrelación espacial de abundancias. El análisis del mtDNA (n=72) muestra la existencia de dos clados filogenéticos para la especie, un clado en el océano Atlántico y otro en el océano Pacífico. Cada uno de estos clados presenta adaptación particulares, por lo que enfrentan el cambio global de forma diferenciada. En el Estrecho de Magallanes se encontraron individuos pertenecientes a ambos clados, representando una zona de mezcla particularmente susceptible a efectos ambientales y antropogénicos debido al bajo tamaño poblacional. El tiempo estimado de divergencia entre ambos clados fue de 77.441-79.828 años antes del presente, consistente con las características ambientales durante el Último Período Glacial. La evidencia genética sugiere que O. flavescens experimientó una expansión demográfica aproximadamente hace 13.000 años antes del presente, acorde con el fin del Último Máximo Glacial. Este resultado concuerda con lo señalado por otro autores para la especie en el Atlántico, así como para la mayoría de las especies de otáridos, sugiriendo condiciones climáticas favorables para el taxa a nivel global. Por otro lado, los resultados de ocho loci microsatelitales (n=63) muestran la existencia de dos clusters genéticos separados aproximadamente a 41°S, representando dos Unidades de Manejo (MU), consistentes con el mayor quiebre oceanográfico y biogeográfico de la costa Pacífico Sur. No se obtuvo registros de un cuello de botella genético, con valores de Ne por encima del valor mínimo viable descrito para vertebrados (Ne norte = 12.320, Ne sur =7.475 individuos). A pesar de esto, los valores de la razón Ne/N encontrado para la MU sur (0,229) se encuentra por debajo del rango normal descrito para especies silvestres (0,25-0,75) y para la MU norte esta razón Ne/N (0,296) se encuentra en el límite inferior del rango, advirtiendo sobre la vulnerabilidad de sus poblaciones. Por otro lado, el análisis de autocorrelación espacial de abundancias mostró una disminución de la autocorrelación entre colonias ubicadas a distancias mayores a 100 km, consistente con la distancia de forrajeo registrada para la especie. A pesar de esto, el análisis de parentesco no mostró relación con la distancia geográfica, no pudiendo descartarse la existencia de dispersión tipo "stepping stone". La distribución espacial de abundancias, así como el efecto de la distancia entre colonias sobre la conectividad de la red espacial, corroboran la presencia de un quiebre en la distribución de la especie a ~40°S, confirmando la existencia de 2 metapoblaciones o Unidades de Manejo. Estos resultados muestran también un cambio en la distribución de abundancias y en la conectividad por distancia a ~30°S, acorde con cambios en los regimenes de surgencia. La distribución espacial de O. flavescens en Chile mostró depender de la presencia de varias colonias distribuidas a lo largo del país, y por lo tanto de importancia para la persistencia de sus metapoblaciones. A pesar de que las condiciones genéticas y demográficas de O. flavescens no representan un problema poblacional actual en Chile, la explotación de la especie, con el fin de mitigar la interferencia de la misma con la pesquería, debe ser tomado con cautela. Esto debido a la dependencia de las poblaciones del lobo marino con la abundancia de recursos, en conjunto con el declive, durante las últimas décadas, de las poblaciones de algunas presas representativas de la dieta de O. flavescens por la industria pesquera, y por la dependencia de la dinámica poblacional de la especie a las condiciones climáticas.
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    Modelamiento de la variabilidad espaciotemporal de bosques submarinos a lo largo de la costa del sistema de corrientes de Humboldt
    (2024) Guajardo Rubilar, Eduardo Andrés; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    Los bosques submarinos a nivel global han experimentado cambios significativos en las últimas décadas, con respuestas variables según especies y ecorregiones. Este estudio examina la distribución y dinámica temporal de los bosques de Lessonia trabeculata y Macrocystis pyrifera en el Sistema de Corrientes de Humboldt, utilizando dos aproximaciones metodológicas: (1) evaluaciones directas de densidad para L. trabeculata y (2) monitoreo satelital de la cobertura del dosel flotante para M. pyrifera. Los datos fueron analizados mediante Modelos Bayesianos Jerárquicos para evaluar variaciones espaciales y temporales, y modelos de clasificación binaria para identificar restricciones ambientales. Adicionalmente, se investigó la diversidad genética de M. pyrifera en relación con perturbaciones como olas de calor marinas.Los resultados mostraron patrones diferenciados entre especies y ecorregiones. L. trabeculata presentó disminuciones en las ecorregiones Humboldtiana y Chile-Central, asociadas a presión pesquera, mientras que en la ecorregión Araucana se registraron aumentos, posiblemente relacionados con la intensificación de la surgencia. Para M. pyrifera, se observaron variaciones en la cobertura del dosel vinculadas a centros de surgencia y diferencias estacionales entre ecorregiones.La distribución espacial también varió significativamente: L. trabeculata mostró discontinuidades asociadas a la influencia de ríos, mientras que M. pyrifera presentó una distribución fragmentada al norte de su rango, relacionada con surgencias y temperatura. El análisis genético reveló barreras al flujo génico cerca de los 33.5°S en M. pyrifera, junto con efectos negativos de las olas de calor en la diversidad alélica, particularmente al norte de los 20°S.Estos hallazgos destacan la necesidad de implementar estrategias de gestión y conservación diferenciadas por especie y región, considerando la variabilidad en las respuestas ecológicas y genéticas de estos bosques submarinos ante las presiones ambientales y antropogénicas.
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    On the advantage of sharing a holdfast: Effects of density and occurrence of kin aggregation in the kelp Lessonia berteroana
    (2014) Segovia, Nicolás I.; Vásquez, Julio A.; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Haye, Pilar A.
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    Phylogeographic Structure in Benthic Marine Invertebrates of the Southeast Pacific Coast of Chile with Differing Dispersal Potential
    (2014) Pardo Gandarillas, María Cecilia; Meynard, Andrés.; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Poulin, Elie
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    Phylogeography of the Marine Otter (Lontra felina): Historical and Contemporary Factors Determining Its Distribution
    (2010) Vianna, Juliana; Ayerdi Retamales, Paula Andrea.; Faugeron, Sylvain Wielfrid
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    Populations of a new morphotype of corrugate lessonia bory in the Beagle Channel, sub-Antarctic Magellanic ecoregion : a possible case of on-going speciation
    (2020) Mansilla, A.; Gerard, K.; Boo, G. H.; Ramírez, M. E.; Ojeda, J.; Rosenfeld, S.; Murcia, S.; Marambio, J.; González Wevar, C.; Faugeron, Sylvain Wielfrid; Calderón, M. S.; Boo, S. M.